In de waag werd niet uitsluitend kaas gewogen, maar ook gerookt spek, vlees, huiden en andere dierlijke producten. Toch bestond het overgrote deel van de handel op de markt uit kaas. Zo werd in 1679 in twee dagen tijd wel 500.000 kilo kaas gewogen. De schuiten met handelswaar hadden vaste ligplaatsen aan de Mient, de Voordam en de Zijdam. Door zetters werden de kazen op berries naar de waag gedragen. Hier werden de kazen gewogen. Boeren betaalden een halve cent marktgeld per verhandelde kaas aan de gemeente.
Het belangrijkste handelsproduct was de zoetemelkse kaas, gemaakt van volle melk. Toch werd er ook magere kanterkaas verhandeld. De Alkmaarse zuivelproducten stonden bekend als “seer uytmuntende in uytnemende suyverheyt en puntigheyt vermengt en vereenight met een uytgenomen aengename smake“. De zuivelproducten waren niet alleen lekker, maar ook heel praktisch. Zo werd wei, een afvalproduct bij de kaasbereiding, gebruikt bij het bleken van linnen.
De zoetemelkse kaas was lang houdbaar en dus erg geschikt voor de export. Een aanzienlijk deel van de Nederlandse exportkaas werd verhandeld via Alkmaar. De meeste kazen gingen naar Frankrijk en er werd ook veel verhandeld naar de Zuidelijke Nederlanden, Spanje, Portugal en Duitsland. Hierdoor verwierf vooral de bolvormige Edammerkaas buiten de landsgrenzen grote bekendheid. Vanaf de negentiende eeuw werden de kazen voorzien van een laagje paraffine voor een langere houdbaarheid. Zo zijn ze aan de markante rode buitenkant gekomen.
Tot in de jaren tachtig van de 17e eeuw was een sterke stijging van aanvoer van kaas op de kaasmarkt te zien. In 1681 en 1684 werd de kaasmarkt vergroot, zodat deze uitgroeide tot de grootste van Nederland. In de 18e eeuw ging het met de Hollandse zuivelbereiding bergafwaarts. Dit had te maken met toenemende bedrijfskosten door hogere polderlasten en vernatting van de weilanden. Bovendien werd het gebied getroffen door drie periodes van veepest.